Zettlr
ZettlrはシンプルなUIで使いやすいオープンソースのMarkdownノートアプリです。エディタとしても提供されています。
複数ファイルを管理する事が可能で左ペインに一覧が表示されるノートアプリ仕様でタグによるカテゴライズも出来るようになっています。
また、ZoteroやJabRefなどのリファレンスマネージャとの統合もサポートしておりドキュメント管理に適した環境を整える事も出来ます。
日本語化はされてないようですが他言語化にも対応していますので自作すれば可能ですね。Electronがベースのようです。初見でしたがだいぶ前から人気のようです。個人的にも気に入りました。ライセンスはGPLとの事。